台灣在2000年之後在這類思潮影響之下，開始使用性別主流化一詞。
2002年起部分婦女團體（婦女新知基金會、女學會、台灣婦女全國聯合會等）注意到政府組織改造並沒有融入性別觀點，因此在2003年多場公聽會後，開始推動在行政院下設立「性別平等委員會」（未來藍圖為具有獨立預算及專責人力之機關），也開始大量引用「性別主流化」的概念遊說政府。同時許多婦女團體也受邀加入行政院婦女權益促進委員會（僅為臨時任務編組，目前四個月召開一次委員大會）成為委員，便開始在其中推動「性別主流化」的六大操作工具，包括「性別統計」、「性別預算分析」、「性別影響評估」、「公務人員性別意識訓練」等。
於是總統府於2005年7月成立了性別主流化諮詢顧問小組，不過2006年國民黨與親民黨立法委員以「黑機關」之理由要求解散此單位，因此由總統推動司法院等五院的性別主流化，進度受阻。2008年總統大選，經過婦女新知基金會等團體遊說，兩位候選人馬英九及謝長廷都公開承諾支持設立「性別平等委員會」，目前正在等待立法院通過相關法案。